อย่างไรก็ตามยังคงพบการระบาดของโรคที่ป้องกันได้ด้วยวัคซีนในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนใต้อย่างต่อเนื่องมานับสิบปี ซึ่งพบว่าปัญหาเกิดจากความครอบคลุมของการได้รับวัคซีนต่ำ การปฏิเสธวัคซีน จากการมีความเชื่อผิดๆเกี่ยวเนื่องกับศาสนา ทำให้มีความรู้ความเข้าใจที่ไม่ถูกต้องเกี่ยวกับการป้องกันโรคด้วยวัคซีน ความเชื่อเรื่องการเจ็บป่วยหรือเสียชีวิตของเด็กหลังได้รับวัคซีนของผู้ปกครอง เมื่อเด็กป่วยอาจไม่ได้รับการรักษาถึงที่สุด ทำให้เด็กพิการหรือเสียชีวิตจากการไม่ได้รับอนุญาตให้รับการรักษา ส่วนสาเหตุอื่นๆมักเป็นสาเหตุรอง เช่น วิถีชีวิตในการประกอบอาชีพของผู้ปกครองที่ไม่เอื้อต่อการนำเด็กมารับวัคซีน ความไม่พึงพอใจต่อการให้บริการของเจ้าหน้าที่ เป็นต้น ทำให้เด็กหรือผู้ใหญ่กลุ่มเป้าหมายไม่ได้รับวัคซีน หรือได้รับไม่ครบถ้วนตามเกณฑ์ ความยากลำบากของเจ้าหน้าที่ในการดำเนินการเชิงรุกและการติดตามกลุ่มเป้าหมายในพื้นที่ ทำให้เกิดเป็นปัญหาที่เรื้อรัง เกิดการระบาดของโรคที่ป้องกันได้ด้วยวัคซีนเป็นช่วง ๆ มาโดยตลอด
"ปัญหาการสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นปัญหาเชิงซ้อนหลายมิติ" ดร.นพ.จรุง กล่าวและให้เหตุผลว่า เนื่องจากพื้นที่ดังกล่าวเป็นพื้นที่ที่มีชาวไทยมุสลิมอาศัยอยู่เป็นส่วนใหญ่ มีลักษณะสังคมแบบพหุวัฒนธรรม การพัฒนางานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคจึงต้องดำเนินการอย่างละเอียดอ่อน ต้องแก้ไขปัญหาด้วยการสร้างความเข้าใจที่ถูกต้องเกี่ยวกับการรับวัคซีน ตามบริบทของแต่ละพื้นที่ซึ่งอาจมีความแตกต่างกันไปในรายละเอียด ต้องอาศัยความร่วมมือจากทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้องทั้งภาครัฐจากหลายกระทรวง ไม่เฉพาะกระทรวงสาธารณสุขเท่านั้น รวมทั้งภาคเอกชน ภาคประชาสังคม และผู้นำศาสนา
โดยก่อนหน้านี้สถาบันวัคซีนแห่งชาติฯได้แต่งตั้งคณะทำงานเพื่อทบทวนแผนงานและทบทวนระบบการสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคของประเทศ การได้ออกไปเยี่ยมพื้นที่ การประชุมร่วมกับพื้นที่โดยหลายภาคส่วนเข้ามาให้ข้อมูลที่ถูกต้อง สะท้อนความเป็นจริง รวมทั้งการแสดงความคิดเห็นอย่างกว้างขวาง ทำให้ทราบถึงสถานการณ์และปัญหางานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนใต้ จึงได้จัดทำและนำเสนอข้อเสนอเชิงนโยบายการแก้ปัญหาการสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคชายแดนใต้อย่างยั่งยืนต่อคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ ในการประชุมคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ ครั้งที่ 2/2560 เมื่อวันที่ 27 ก.ย. 60 ในปีที่ผ่านมา ซึ่งที่ประชุมเห็นชอบในหลักการและมอบกระทรวงสาธารณสุข โดยกรมควบคุมโรคร่วมกับสถาบันวัคซีนแห่งชาติฯรับผิดชอบดำเนินการนพ.จรุงกล่าวต่อไปว่า สถาบันวัคซีนแห่งชาติฯ จึงได้ร่วมมือกับกรมควบคุมโรค ซึ่งได้มอบให้สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 12 จังหวัดสงขลา เป็นผู้รับผิดชอบหลัก จัดทำ "โครงการสร้างภาคีเครือข่ายพัฒนางานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ตอนล่าง" เพื่อจัดทำแผนพัฒนางานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคในพื้นที่ดังกล่าว ให้สอดคล้องกับสถานการณ์และบริบทในพื้นที่ โดยดำเนินงานร่วมกับหลายภาคส่วน ทั้งภาครัฐ ภาคประชาสังคม ภาคเอกชน ทั้งฝ่ายสาธารณสุขและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ได้แก่ กระทรวงมหาดไทย, กระทรวงศึกษาธิการ, ศอบต., ศบสต., สำนักงานเขตสุขภาพที่ 12 มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ มหาวิทยาลัยฟาฏอนี วิทยาลัยพยาบาล วิทยาลัยสาธารณสุข กรมควบคุมโรค กรมอนามัย สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข และสำนักงานผู้ตรวจราชการกระทรวงสาธารณสุข ตลอดจนการสนับสนุนจากยูนิเซฟและองค์การอนามัยโลก ทำการศึกษาข้อมูล สภาพปัญหาในพื้นที่ 3 อำเภอนำร่อง ได้แก่ อำเภอรือเสาะ จังหวัดนราธิวาส อำเภอบันนังสตา จังหวัดยะลา และ อำเภอทุ่งยางแดง จังหวัดปัตตานี ให้ชุมชนมีส่วนร่วม เชิญผู้มีส่วนได้-เสีย หาแนวทางร่วมกัน โดยยึดระบบการสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคหรือระบบอื่น ๆ ซึ่งเป็นระบบเดิมที่มีอยู่แล้ว ไม่ได้สร้างระบบขึ้นใหม่ แต่จะพัฒนาศักยภาพของเจ้าหน้าที่ในการดำเนินงานและรับมือกับปัญหาที่สอดคล้องกับสถานการณ์ เพื่อการสร้างความเข้าใจ ทัศนคติ ความเชื่อ และการปฏิบัติการด้านการสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคที่ถูกต้อง
"โดยจะมีการติดตามประเมินผลอย่างต่อเนื่อง เพื่อนำมาปรับรูปแบบหรือวิธีการให้เหมาะสม จนประสบความสำเร็จ จากนั้นนำรูปแบบที่พิสูจน์แล้วว่าดำเนินการได้ผล เป็นที่ยอมรับของประชาชนและทุกภาคส่วนในอำเภอนำร่องดังกล่าว จากทั้ง 3 จังหวัด ไปขยายผล นำไปใช้เป็นแนวทางในการดำเนินงานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคที่เหมาะสมสอดคล้องกับสภาพปัญหา ซึ่งอาจมีความแตกต่างกันในแต่ละพื้นที่ เชื่อว่าด้วยวิธีการเช่นนี้จะนำไปสู่การแก้ปัญหาเชิงการปรับเปลี่ยนทัศนคติและพฤติกรรมซึ่งต้องใช้เวลาพอสมควร แต่จะทำให้สามารถแก้ปัญหาได้อย่างยั่งยืนต่อไป"