การประชุม กนช. ครั้งที่ 4/2559 เมื่อวันที่ 23พฤศจิกายน 2559 ที่ประชุมมีมติรับทราบตามที่กรมชลประทานเสนอความก้าวหน้าแผนการบริหารจัดการน้ำและแผนการระบายน้ำเจ้าพระยา และมีมติให้ฝ่ายเลขานุการ กนช. เป็นหน่วยงานหลักในการบูรณาการแผนงาน หากดำเนินการโครงการขนาดใหญ่ไม่ได้ ก็ปรับเป็นโครงการย่อยดำเนินการไปก่อน การประชุม ครม. และข้อสั่งการนายกรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 4 เมษายน 2560 ให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์เป็นหน่วยงานหลักร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เช่น กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม กระทรวงมหาดไทย พิจารณากำหนดแนวทางการบริหารจัดการน้ำบริเวณลุ่มน้ำเจ้าพระยาเพิ่มเติม โดยเฉพาะการเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำในพื้นที่ฝั่งตะวันตกและพื้นที่ฝั่งตะวันออกของบริเวณลุ่มน้ำดังกล่าว
สำหรับการประชุมครั้งล่าสุด ครั้งที่ 1/2560 เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม 2560 กรมชลประทานได้เสนอขอความเห็นชอบในหลักการของกรอบแผนงานการบรรเทาอุทกภัยในลุ่มน้ำเจ้าพระยา 9 แผนงาน ซึ่งมี 7 แผนงาน ที่มีผลศึกษาชัดเจน กรอบวงเงิน 228,100 ล้านบาท ได้แก่ (1)โครงการปรับปรุงระบบชลประทานเจ้าพระยาฝั่งตะวันออกตอนล่าง (2)โครงการคลองระบายน้ำหลากเจ้าพระยาฝั่งตะวันออก (3)โครงการปรับปรุงโครงข่ายระบบชลประทานฝั่งตะวันตก (4)โครงการเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำแม่น้ำเจ้าพระยา (5)โครงการบริหารจัดการพื้นที่นอกคันกั้นน้ำ (6)โครงการคลองระบายน้ำหลากบางบาล-บางไทร และ(7)โครงการเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำแม่น้ำท่าจีน ส่วนอีก 2 ได้แก่ (1)โครงการคลองระบายน้ำควบคู่กับถนนวงแหวนรอบที่ 3 และ(2)โครงการพื้นที่รับน้ำนอง แผนงานอยู่ในระหว่างการศึกษาความเหมาะสม และวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อม (EIA) ซึ่งยังไม่มีวงเงินปรากฏ ทั้งนี้ กนช. เห็นชอบในหลักการตามที่กรมชลประทานเสนอ
อย่างไรก็ตาม เนื่องจากเป็นโครงการสำคัญขนาดใหญ่ทั้ง 9 แผนงาน และมีวงเงินลงทุนสูง เพื่อความรอบคอบและชัดเจน จึงได้สั่งการให้นำไปจัดลำดับความสำคัญ ระยะเร่งด่วน และระยะยาว และจัดทำรายละเอียดของแผนงานทั้ง 9 แผนงาน โดยให้ดำเนินการตามขั้นตอนปฏิบัติ และมิได้มีการสั่งเบรกโครงการแต่อย่างใด พร้อมทั้งให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องบูรณาการ พิจารณาโครงการที่พร้อมดำเนินการเร่งด่วน โดยเฉพาะโครงการที่สามารถก่อสร้างแล้วเสร็จภายใน30 ธันวาคม 2560 เพื่อเข้าคณะกรรมการกลั่นกรองฯ ก่อนเสนอ ครม. เห็นชอบ ต่อไป
ทั้งนี้ กรมชลประทานได้เชิญหน่วยงานหลักที่เกี่ยวข้อง ประชุมหารือในรายละเอียดของเป้าหมาย และองค์ประกอบ ของแผนงานทั้ง 9 แผนงาน พร้อมกับจัดทำแผนปฏิบัติการให้ชัดเจน ณ ห้องประชุมกรมชลประทาน ร่วมกับ กรมทรัพยากรน้ำ กรมเจ้าท่า กรมทางหลวง กรมทางหลวงชนบท กรมโยธาธิการและผังเมือง และกรมส่งเสริมการปกครองส่วนท้องถิ่น เมื่อวันที่ 11 พฤษภาคม 2560 ทั้งนี้ ในวันนี้ (15 พ.ค. 60) ฝ่ายเลขานุการฯ กนช. ได้เชิญทุกหน่วยงานประชุมหาข้อสรุปเพื่อยืนยันและปรับแผนงานเร่งด่วน