ปัจจุบันกองทุนสงเคราะห์เกษตรกร มีเงินคงเหลือที่ใช้หมุนเวียน จำนวน 5,032.16 ล้านบาท โดยมีลูกหนี้คงเหลือ จำนวน 1,268.76 ล้านบาท ประกอบด้วยลูกหนี้ระยะสั้น 0.59 ล้านบาท และลูกหนี้ระยะยาว จำนวน 1,270.11 ล้านบาท ซึ่งในปี 2558 ( ข้อมูล ณ วันที่ 1 ต.ค. 57 – 30 ก.ย. 58 ) ได้รับชำระหนี้คืนจำนวน 115.839 ล้านบาท และมีลูกหนี้คงเหลือ 7 หน่วยงาน 23 โครงการ จำนวน 1,218.021 ล้านบาท และในปี 2559 ได้รับชำระหนี้คืนตั้งแต่เดือนตุลาคม – มกราคม 2559 จำนวน 49.260 ล้านบาท และ (ข้อมูล ณ วันที่ 31 ม.ค. 59) มีลูกหนี้ จำนวน 7 หน่วยงาน 24 โครงการ จำนวน 1,168.761 ล้านบาท
ทั้งนี้ ในปี 2558 มีโครงการที่ผ่านการพิจารณาอนุมัติของคณะอนุกรรมการพิจารณากลั่นกรอง ติดตามและประเมินผล โครงการที่ขอใช้เงินกองทุนฯ และได้รับการอนุมัติจากคณะกรรมการสงเคราะห์เกษตรกร จำนวน 3 โครงการ เป็นเงิน 1,152.50 ล้านบาท ได้แก่ 1) โครงการฟาร์มโคเนื้อสร้างอาชีพ จำนวนเงิน 100 ล้านบาท 2) โครงการสร้างระบบการผลิตและการตลาดเกลือทะเลของสถาบันเกษตรกรด้วยวิธีการยกระดับราคาให้ยั่งยืน จำนวนเงิน 52.50 ล้านบาท และ 3) โครงการสร้างความเข้มแข็งให้กับกลุ่มเกษตรกรเพื่อเข้าถึงแหล่งเงินทุนในการผลิตและการตลาด จำนวนเงิน 1,000 ล้านบาท และในปี 2559 มีโครงการที่ผ่านการพิจารณาอนุมัติของคณะอนุกรรมการพิจารณากลั่นกรอง ติดตามและประเมินผล โครงการที่ขอใช้เงินกองทุนฯ และได้รับการอนุมัติจากคณะกรรมการสงเคราะห์เกษตรกร จำนวน 2 โครงการ เป็นเงิน 128.408 ล้านบาท ได้แก่ 1) โครงการจัดหาวัตถุดิบปัจจัยการผลิตอาหารสัตว์สำหรับเลี้ยงโคนมไทยมิลค์ จำกัด จังหวัดสระบุรี จำนวน 90 ล้านบาท และ 2) โครงการปรับโครงสร้างการผลิตมันสำปะหลังด้วยระบบน้ำหยด จังหวัดกำแพงเพชร จำนวน 38.408 ล้านบาท
สำหรับการจัดสรรเงินกองทุนสงเคราะห์เกษตรกร มีผู้ที่สามารถขอใช้เงินกองทุนฯ ได้ 2 ประเภท ได้แก่ 1) องค์กรเกษตรกร หมายถึง สหกรณ์การเกษตร สหกรณ์ประมง สหกรณ์นิคม ชุมนุมสหกรณ์ กลุ่มเกษตรกรตามกฎหมายว่าด้วยสหกรณ์ วิสาหกิจชุมชนที่ได้จดทะเบียนตามกฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมวิสาหกิจชุมชน องค์กรเกษตรกรตามกฎหมายว่าด้วยกองทุนฟื้นฟูและพัฒนาเกษตรกรหรือองค์กรเกษตรกรอื่นที่กฎหมายจัดตั้ง ซึ่งจะต้องมีคุณสมบัติ คือ องค์กรเกษตรกรที่มีฐานะเป็นนิติบุคคล สามารถยื่นคำขอรับจัดสรรเงินได้โดยตรงโดยต้องผ่านเกณฑ์เงื่อนไข คือ มีการดำเนินกิจการมาแล้วไม่น้อยกว่า 2 ปี มีการตรวจสอบบัญชี และองค์กรเกษตรกรที่ไม่มีฐานะเป็นนิติบุคคล มีขนาดเล็ก หรือจัดตั้งขึ้นใหม่ เช่น วิสาหกิจชุมชน องค์กรเกษตรกรตามกฎหมายกองทุนฟื้นฟูและพัฒนาเกษตรกร หรือองค์กรเกษตรกรต่าง ๆ ให้หน่วยงานของรัฐที่เป็นผู้กำกับดูแล ยื่นคำขอรับจัดสรรเงินเพื่อนำไปจัดสรรเงินให้แก่องค์กรเกษตรกร 2) หน่วยงานของรัฐ หมายความว่า กระทรวง ทบวง กรม หรือส่วนราชการที่เรียกชื่ออย่างอื่นและมีฐานะเป็นกรม จังหวัด และให้หมายความรวมถึงรัฐวิสาหกิจหรือหน่วยงานอื่นของรัฐที่มีกฎหมายจัดตั้ง สามารถจัดทำโครงการยื่นขอรับจัดสรรเงินได้โดยตรงที่กองบริหารงานกองทุนสงเคราะห์เกษตรกร สำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และการจัดเก็บดอกเบี้ยเงินกู้ยืมกองทุนสงเคราะห์เกษตรกร คิดอัตราดอกเบี้ยไม่เกินร้อยละ 3 ต่อปี