ประเด็นที่ 1 เรื่องความครบถ้วนถูกต้องของทรัพย์สินที่ บมจ.ปตท..จะต้องแบ่งแยกและโอนให้กระทรวงการคลัง วันที่ 14 ธันวาคม 2550 ศาลปกครองสูงสุด มีคำพิพากษาให้ผู้ถูกฟ้องคดี รวม 4 ราย คือ ครม. ที่ 1, นายกรัฐมนตรี ที่ 2, กระทรวงพลังงาน ที่ 3, และ บมจ.ปตท. ที่ 4 รวมกันทำการแบ่งแยกทรัพย์สินตามคำพิพากษาให้เสร็จสิ้นก่อนการแต่งตั้งคณะกรรมการกำกับกิจการพลังงาน
วันที่ 18 ธันวาคม 2550 ครม. มีมติมอบหมายกระทรวงพลังงานและกระทรวงการคลังไปแบ่งแยกทรัพย์สินให้เป็นไปตามคำพิพากษา โดยให้ สตง.ตรวจสอบและรับรองความถูกต้อง ทั้งนี้หากมีข้อโต้แย้ง ทางกฎหมายให้หารือ คณะกรรมการกฤษฎีกาให้เป็นที่ยุติต่อไป
กระทรวงการคลังได้มอบหมายให้กรมธนารักษ์ เป็นผู้ดำเนินการ กรมธนารักษ์จึงได้แต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นมาทำการตรวจสอบและแบ่งแยกทรัพย์สินตามคำพิพากษา เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2550 โดยในระหว่างการดำเนินการของคณะกรรมการที่กรมธนารักษ์แต่งตั้ง บมจ.ปตท. ก็ได้รายงานผลการดำเนินการทุกระยะให้ศาลปกครองสูงสุดทราบ โดยได้ดำเนินการตรวจสอบรายการทรัพย์สินที่จะแบ่งแยกเสร็จสิ้นและรายงานให้กระทรวงการคลังเห็นชอบ เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2551 โดยมีการลงนามในบันทึกแบ่งแยกทรัพย์สิน เมื่อวันที่ 24 กันยายน 2551 ซึ่งในบันทึกการแบ่งแยกก็มีข้อตกลงว่า ถ้าศาลปกครองสูงสุดมีคำวินิจฉัยว่าต้องแบ่งแยกเพิ่มขึ้นหรือลดลง กรมธนารักษ์และ บมจ.ปตท. ต้องปฏิบัติให้เป็นไปตามนั้น ต่อมาได้มีการลงนามในสัญญาให้ใช้ที่ราชพัสดุ โดยมีค่าตอบแทนระหว่างกรมธนารักษ์กับ บมจ.ปตท. เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2551
วันที่ 11 มิถุนายน 2551 กระทรวงการคลังได้แจ้ง สตง.ว่าได้ตรวจสอบและแบ่งแยกทรัพย์สินของ บมจ.ปตท.ที่จะโอนให้กระทรวงการคลังเรียบร้อยแล้ว เพื่อให้ สตง.ตรวจสอบ หลังจากนั้นก็ได้มีการไปดำเนินการจดทะเบียนสิทธิและนิติกรรมโอนกรรมสิทธิ์ในทรัพย์สิน ตามกฎหมาย ตามจังหวัดต่าง ๆ ที่เป็นที่ตั้งของทรัพย์สิน และแล้วเสร็จครบถ้วนเมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 2551
วันที่ 25 ธันวาคม 2551 บมจ.ปตท.ได้รายงานสรุปผลการดำเนินการต่อศาลปกครองสูงสุด และศาลปกครองสูงสุด ได้มีความเห็นว่า มีการดำเนินการตามคำพิพากษาเรียบร้อยแล้ว เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2551
วันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2552 สตง. มีหนังสือลับถึงศาลปกครองสูงสุดและนายกรัฐมนตรี โดยเห็นว่าการแบ่งแยกทรัพย์สินตามคำพิพากษายังไม่ครบ โดยหนังสือดังกล่าวระบุว่า "ทั้งนี้การดำเนินการแบ่งแยกและส่งมอบทรัพย์สินของ บมจ. ปตท. ให้กระทรวงการคลัง ตามคำพิพากษาศาลปกครองสูงสุดจะครบถ้วนและเป็นไปตามคำพิพากษาหรือไม่ ขึ้นอยู่กับคำวินิจฉัยของศาลปกครองสูงสุดซึ่งคำวินิจฉัยศาลปกครองสูงสุดถือเป็นที่ยุติ"
วันที่ 10 มีนาคม 2552 ศาลปกครองได้มีหนังสือตอบ สตง.ว่า ศาลปกครองได้ติดตามการดำเนินการตามคำพิพากษาและรายงานให้ศาลทราบ ศาลปกครองสูงสุด พิเคราะห์แล้วเห็นว่า ผู้ถูกฟ้อง คดีที่ 1 – 4 และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ได้ดำเนินการตามคำพิพากษาเป็นที่เรียบร้อยแล้ว
ซึ่งเอกสารฉบับลงวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2552 และวันที่ 10 มีนาคม 2552 นี้ คตง. และ สตง. ตั้งใจปกปิดไม่แถลงต่อสื่อมวลชนและประชาชน ซึ่งถือว่าเป็นการให้ข้อเท็จจริงอันเป็นเท็จ นอกจากนี้ในระหว่างดำเนินการก็ได้มีผู้ฟ้องคดีต่อศาลปกครอง เพื่อให้วินิจฉัยว่าการแบ่งแยกและโอนทรัพย์สินดังกล่าว ยังไม่ครบถ้วนอีกหลายครั้ง ซึ่งศาลปกครองก็ได้มีคำสั่งไม่รับฟ้องและยืนยันท้ายคำฟ้องมาโดยตลอดว่า ผู้ถูกฟ้องคดีทั้ง 4 ได้แบ่งแยกและโอนทรัพย์สินตามคำพิพากษา เรียบร้อยแล้ว โดยเฉพาะ เมื่อวันที่ 7 เมษายน 2559 ที่ประชุมตุลาการศาลปกครองสูงสุดก็ได้มีมติยืนยันเช่นเดียวกันว่าผู้ถูกฟ้องคดี ได้แบ่งแยกและโอนทรัพย์สินตามคำพิพากษาเรียบร้อยแล้ว ในส่วนนี้ คตง.และ สตง. ก็จงใจปิดบังไม่ให้ข้อเท็จจริงแก่สื่อมวลชนและประชาชน
ข้อเท็จจริงอีกส่วนหนึ่งที่สำคัญก็คือ สตง. เป็นผู้ตรวจสอบและรับรองงบการเงินของ บมจ.ปตท. โดย สตง. รับรองแบบไม่มีเงื่อนไขมาโดยตลอด ทั้งที่ สตง. เองเป็นผู้ทักท้วงมาโดยตลอด บมจ.ปตท.โอนทรัพย์สินไม่ครบ เท่ากับว่า สตง.ให้ข้อมูลอันเป็นเท็จต่อ ตลท. และผู้ถือหุ้นของ บมจ.ปตท. ผิดจรรยาบรรณอย่างร้ายแรงและต้องมีผู้รับผิดชอบ
วันที่ 10 สิงหาคม 2553 ครม. ได้มีมติรับทราบรายงานผลการดำเนินการแบ่งแยกทรัพย์สิน
วันที่ 14 สิงหาคม 2557 สตง. ได้มีหนังสือรายงานถึงหัวหน้า คสช. ว่า สตง. เห็นว่าการแบ่งแยกทรัพย์สินยังไม่ครบถ้วน ซึ่ง คสช. มีคำสั่งให้ คตง.หารือสำนักงานคณะกรรมกฤษฎีกาขณะนี้อยู่ระหว่างพิจารณาของกฤษฎีกา
ในประเด็นนี้จึงไม่มีเหตุผลใดที่ คตง. และ สตง. จะบอกว่าการโอนทรัพย์สินไม่ครบเพราะศาลปกครอง ได้ยืนยันหลายครั้งแล้วว่าครบถ้วนเรียบร้อยแล้ว คำวินิจฉัยของศาลปกครองสูงสุดย่อมถือเป็นที่สิ้นสุดแล้ว
ประเด็นที่ 2 เรื่องการละเว้นไม่ปฏิบัติตามมติ ครม. เมื่อวันที่ 18 สิงหาคม 2550 และรายงานข้อมูลอันเป็นเท็จ
จากมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม 2550 กระทรวงการคลังและกระทรวงพลังงาน ได้มอบหมายให้กรมธนารักษ์ กับ บมจ.ปตท. แบ่งแยกทรัพย์สินให้เป็นไปตามคำพิพากษาและมติ ครม. กรมธนารักษ์จึงได้แต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นมาทำการตรวจสอบและแบ่งแยกทรัพย์สินและเมื่อดำเนินการแล้วเสร็จ คณะกรรมการได้รายงานให้กรมธนารักษ์ทราบและขอความเห็นชอบจากผู้ที่ได้รับมอบหมายจาก ครม. โดยกระทรวงการคลังและกระทรวงพลังงานได้รายงานให้ ครม. รับทราบ รายงานศาลปกครอง เพื่อพิจารณาว่าเป็นไปตามคำพิพากษาหรือไม่ และรายงาน สตง. เพื่อตรวจสอบตามมติ ครม. จึงเป็นแนวทางปฏิบัติราชการปกติทั่วไป ครม. มิได้มีมติให้ สตง. ตรวจสอบและรับรองความถูกต้องก่อน แล้วจึงให้กระทรวงพลังงานและกระทรวงการคลัง รายงาน ครม. หรือศาลปกครองแต่อย่างใด
การดำเนินการของกระทรวงพลังงาน กระทรวงการคลัง กรมธนารักษ์ และ บมจ.ปตท. จึงเป็นการปฏิบัติหน้าที่ตามที่ ครม.มอบหมาย และมิได้มีการรายงานข้อเท็จจริงอันเป็นเท็จแต่ประการใด
รองปลัดกระทรวงการคลัง กล่าวเพิ่มเติมว่า ข้อกล่าวหาของ คตง. และ สตง. ทั้ง 2 ประเด็นดังกล่าว จึงเป็นข้อกล่าวหาที่ปราศจากซึ่งเหตุและผลทุกประการ มีการบิดเบือนข้อเท็จจริงที่สำคัญที่ สตง. ได้ทำความเห็นไปยังศาลปกครองและศาลปกครองได้ตอบยืนยันเป็นทางการแล้วว่าการแบ่งแยกทรัพย์สินเรียบร้อยแล้ว อีกทั้ง คตง. และ สตง. ก็รู้ว่าที่ประชุมใหญ่ศาลปกครองสูงสุดก็มีคำวินิจฉัยเป็นที่สุดแล้วว่า การแบ่งแยกทรัพย์สินตามคำพิพากษาเรียบร้อยแล้ว การที่ คตง.และ สตง. ยังเห็นว่าไม่ครบจึงเท่ากับเป็นการดูหมิ่นศาลปกครอง อีกทั้งยังปกปิดความผิดของตัวเองที่รับรองงบการเงินของ บมจ.ปตท. ที่ผ่านมาอย่างไม่มีเงื่อนไข ทั้งที่ สตง. เป็นผู้ทักท้วงว่าการแบ่งแยกทรัพย์สินยังไม่ครบถ้วน รวมทั้งละเว้นการปฏิบัติตามมติ ครม. ที่ให้หารือคณะกรรมการกฤษฎีกา กรณีที่มีปัญหา โดยได้ข้อยุติต่อไป แต่กรณีนี้ คตง.และ สตง. หารือคณะกรรมการกฤษฎีกาแล้ว การพิจารณาของคณะกรรมการกฤษฎีกายังไม่เป็นที่ยุติ คตง. กับ สตง.กลับมาสรุปเองว่า การแบ่งแยกทรัพย์สินยังไม่ครบถ้วน และใช้อำนาจกล่าวหาเจ้าหน้าที่ของรัฐว่าละเว้นการปฏิบัติหน้าที่และรายงานเท็จ พฤติกรรมของ คตง.และ สตง. ดังกล่าวเป็นการบั่นทอนขวัญและกำลังใจของเจ้าหน้าที่ของรัฐที่ปฏิบัติหน้าที่โดยสุจริตเป็นอย่างยิ่ง
"จึงเรียนชี้แจงกรณีดังกล่าวเพื่อสื่อมวลชนและประชาชนทั่วไป ได้รับความข้อเท็จจริงที่เป็นจริง และเบื้องหลังที่ควรทราบเกี่ยวกับ คตง.และ สตง." รองปลัดกระทรวงการคลัง กล่าวในตอนท้าย