สำหรับการดำเนินงานในการส่งเสริมการจัดตั้งธนาคารเมล็ดพันธ์ข้าวชุมชนนั้น ศูนย์เมล็ดพันธุ์ข้าวและศูนย์วิจัยข้าวที่รับผิดชอบในพื้นที่ร่วมกับสำนักงานเกษตรจังหวัด/อำเภอ จะดำเนินการคัดเลือกศูนย์ข้าวชุมชน หรือชุมชนที่มีการรวมกลุ่มทำกิจกรรมด้านการผลิตข้าว ที่มีศักยภาพในการผลิตเมล็ดพันธุ์คุณภาพดี และชาวนาในชุมชนขาดแคลนเมล็ดพันธุ์ข้าวคุณภาพดี ซึ่งชาวนาที่จะขอรับบริการต้องมีคุณสมบัติดังนี้ 1. เป็นชาวนาที่ขาดแคลนเมล็ดพันธุ์ดี 2.ต้องสมัครเป็นสมาชิกธนาคารฯ ทั้งนี้ การบริหารและจัดการธนาคารเมล็ดพันธุ์ข้าวชุมชนจะมีคณะกรรมการบริหารและจัดการธนาคาร (โดยสมาชิกธนาคารเป็นผู้คัดเลือก) ทำหน้าที่เป็นผู้ควบคุมเก็บรักษา และพิจารณาจำนวนข้าวที่จะให้ยืมและรับข้าวคืน ซึ่งสมาชิกที่ต้องการข้าวไปใช้ทำพันธุ์ ให้ลงบัญชียืมข้าวจากคณะกรรมการ เมื่อสามารถเก็บเกี่ยวข้าวได้ ก็นำมาคืนธนาคาร พร้อมดอกเบี้ยตามแต่ตกลงกัน และในกรณีที่ธนาคารมีปริมาณข้าวเปลือกเกินความสามารถในการเก็บรักษาก็อาจขายเมล็ดพันธุ์ข้าวเพื่อเก็บเป็นเงินกองทุน โดยจะต้องได้รับความเห็นชอบจากสมาชิกส่วนใหญ่
ในส่วนการสนับสนุนธนาคารเมล็ดพันธุ์ข้าวชุมชนนั้น กรมการข้าวจะสนับสนุนเมล็ดพันธุ์ข้าวคุณภาพดีสำหรับเป็นเมล็ดพันธุ์ตั้งต้นให้กับธนาคารเมล็ดพันธุ์ข้าวสำหรับให้ชาวนายืมไปใช้ในการจัดทำแปลงผลิตเมล็ดพันธุ์ไว้ใช้เอง แห่งละ 7.5 ตัน โดยให้ยืมในอัตรา ร้อยละ 10 ของพื้นที่ปลูก หมายความว่า ถ้าเกษตรกรมีพื้นที่ 10 ไร่ จะให้ยืมเมล็ดพันธุ์สำหรับจัดทำแปลงพันธุ์ 1 ไร่ อัตรา ไร่ละ 15 กิโลกรัม พร้อมทั้งเพิ่มศักยภาพการผลิตเมล็ดพันธุ์ โดยการถ่ายทอดเทคโนโลยีเพื่อให้ชาวนาผู้จัดทำแปลงผลิตเมล็ดพันธุ์มีความรู้ในการจัดทำแปลงผลิตเมล็ดพันธุ์ไว้ใช้เอง และสนับสนุนอุปกรณ์ในการปลูกและเก็บเกี่ยว
ส่วนพื้นที่ดำเนินงาน คือ ธนาคารเมล็ดพันธุ์ข้าวชุมชน 12 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดร้อยเอ็ด สุรินทร์ บุรีรัมย์ ศรีสะเกษ นครราชสีมา ขอนแก่น อุบลราชธานี กาฬสินธุ์ ชัยภูมิ เพชรบุรี ราชบุรี และกาญจนบุรี และการส่งเสริมการผลิตเมล็ดพันธุ์ข้าวในครัวเรือน 10 จังหวัด ได้แก่ สุรินทร์ บุรีรัมย์ ศรีสะเกษ นครราชสีมา ขอนแก่น กาฬสินธุ์ ชัยภูมิ สงขลา พัทลุง และนครศรีธรรมราช ทั้งนี้ การดำเนินงานตามแนวทางดังกล่าว นอกจากจะเป็นการแก้ไขปัญหาขาดแคลนเมล็ดพันธุ์ดีแล้ว ยังช่วยสร้างเสริมความเข้มแข็งและขีดความสามารถในการพึ่งพาตนเองของชาวนา รวมทั้งช่วยประหยัดงบประมาณของรัฐบาล ซึ่งสอดคล้องกับหลักปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียงของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว