กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้มีการวางแผนบริหารจัดการน้ำ โดยจะมุ่งเน้นให้มีน้ำเพื่ออุปโภคบริโภค และรักษาระบบนิเวศน์ให้มีเพียงพอถึงต้นฤดูฝนปี 2560 รวมถึงการปฏิบัติการฝนหลวง โดยได้ดำเนินการต่อเนื่องมาตั้งแต่วันที่ 15 ก.พ.59 จนวันที 31 ส.ค. 59 รวมทั้งสิ้น 17 หน่วยปฏิบัติการ มีการขึ้นบินปฏิบัติการฝนหลวง รวม 176 วัน จำนวน 3,500 เที่ยวบิน โดยในภาคเหนือ มีหน่วยปฏิบัติการฝนหลวง จ.เชียงใหม่ จ.พิษณุโลก และ จ.ตาก มีเครื่องบิน จำนวน 4 เครื่อง ซึ่งจะปฏิบัติการฝนหลวงเพื่อเติมน้ำให้กับเขื่อนภูมิพลและพื้นที่การเกษตร
พลเอก ฉัตรชัย กล่าวต่อไปว่า ได้มีการจำลองสถานการณ์ปี 2559/60 ทั้ง 5 แบบจำลอง เพื่อประเมินน้ำที่ใช้การได้ทั้ง4 เขื่อน ซึ่งคาดว่าจะมีน้ำใช้การได้ประมาณ 7,000 ล้าน ลบ.ม. รวมถึงดูผลกระทบต่อเกษตรผู้ใช้น้ำอย่างไร ปัจจุบันมีพื้นที่ 4 - 5 จังหวัดที่จะได้รับผลกระทบ ซึ่งกระทรวงเกษตรฯ จะได้พิจารณาแนวทางในการทำการเกษตรให้แก่เกษตรกรต่อไป และจากการประเมินคาดว่าจะหาทางเติมน้ำในเขื่อน โดยให้กรมฝนหลวงขึ้นปฏิบัติการ ในช่วงวันนี้ (2 ก.ย. 59) ถึงกลางเดือน ก.ย.59 เนื่องจากมีความเหมาะสมในการขึ้นปฏิบัติการ โดยได้มีหน่วยปฏิบัติการภาคเหนือจะเป็นเฝ้าปฏิบัติการเติมน้ำในเขื่อนภูมิพลอย่างต่อเนื่อง โดยในวันที่ 15 ก.ย. นี้ จะมีการประเมินสถานการณ์อีกครั้ง เพื่อวิเคราะห์ถึงสถานการณ์ด้านต่าง ๆ ทั้งการเก็บเกี่ยว รวมถึงผลกระทบ ซึ่งกรมส่งเสริมการเกษตร กรมวิชาการเกษตร กรมพัฒนาที่ดิน และหน่วยงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง จะนำไปเป็นข้อมูลในการวางแผนเพื่อช่วยเหลือเกษตรกรตั้งแต่ฤดูกาลเพาะปลูกนี้ต่อไป ทั้งนี้ การดำเนินงานดังกล่าวเป็นการร่วมมือกันระหว่างกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ กระทรวงมหาดไทย กระทรวงพาณิชย์ และหน่วยงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง เช่น กรมอุตุนิยมวิทยา เป็นต้น ซึ่งกระทรวงเกษตรฯ จะบริหารจัดการน้ำโดยมองถึงฤดูกาลผลิตหน้า โดยคาดหวังให้เกษตรกรสามารถผ่านพ้นวิกฤตได้ดีกว่าปีที่ผ่านมา
นอกจากนี้ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้มีแผนในการลดการเพาะปลูกพื้นที่ข้าวตามแผนข้าวครบวงจร ในรอบแรก ให้ปรับเปลี่ยน 0.57 ล้านไร่ ซึ่ง ครม. อนุมัติโครงการไปแล้ว 5 โครงการ 40 จังหวัด มีพื้นที่เป้าหมายใน จ.สุโขทัย และนครสวรรค์ รวม 13,805 ไร่ ในรอบสอง พื้นที่เพาะปลูก 7.32 ล้านไร่ ส่วนใหญ่อยู่ในเขตชลประทาน ลุ่มน้ำเจ้าพระยา โดยกระทรวงเกษตรฯ มีแผนจะลดพื้นที่เพาะปลูกข้าว จำนวน 4.49 ล้านไร่ แบ่งเป็น การปรับเปลี่ยนไปปลูกพืชที่หลากหลาย 0.30ล้านไร่ การปรับเปลี่ยนไปปลูกข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ 0.05 ล้านไร่ การไถกลบตอซังปลูกพืชปุ๋ยสด 0.50 ล้านไร่ และการปรับปรุงความอุดมสมบูรณ์ของดินและพลิกฟื้นผืนนา ใต้ร่มพระบารมี 3.19 ล้านไร่ ซึ่งในการปลูกข้าวรอบสองนี้ จะมีโครงการช่วยเหลือการปรับเปลี่ยนจากการปลูกข้าวไปปลูกพืชใช้น้ำน้อยด้วย และในรอบสาม จะไม่มีการส่งเสริมการปลูก เนื่องจากจะไม่ได้ผลผลิตคุณภาพดี มีต้นทุนสูงด้วย